ふふふ

DBが壊れる原因がわかった。
Perlでの利用だけかもしらんが、
1つのプロセスで複数のDBを開いて更新をしているとおかしくなる。
(not ひとつのDBを複数のプロセスで開く)
同時に1個しか開かないようにしたら壊れなくなった。
まあ、ありがちといえばありがちだけど。